Levenhagen liegt etwa fünf Kilometer westlich von Greifswald, südlich des Flusses Ryck. Durch das Gemeindegebiet führt die Bundesstraße 109, welche östlich der Gemeinde in die Umgehungsstraße für Greifswald (B 105) mündet. Die Bundesautobahn A20 ist über die Anschlussstelle Greifswald (etwa fünf Kilometer) erreichbar.